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El anime tiene lugar en el Japón de 1868, justo durante la época de Bakumatsu (幕末, 1853-1867), el fin de la era de los Shogun (Tokugawa) y precursor de la Restauración Meiji. La historia se centra en la figura de Akizuki Yôjirô, un rônin que es el legendario Asesino Eterno o Eien no Shikaku (永遠の刺客) y su búsqueda por la Cabeza del Conquistador, Hasha no Kubi (覇者の首), un objeto que solo aparece durante épocas de revolución y de caos. Akizuki es el portador de una espada igualmente legendaria, el Getsuruitō (月涙刀) o el Filo de una Lágrima de Luna.