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DESCRIPCION: La historia se muestra desde el punto de vista del protagonista, Makoto Naegi, que comienza un nuevo año en la escuela privada de élite Academia Pico de la Esperanza (Hope's Peak Academy), que es famosa por formar a estudiantes de élite, con un gran futuro asegurado al graduarse de esta academia. Estos estudiantes reciben título de "Super High School Level". Sin embargo, cada año, la escuela organiza un sorteo entre todos los estudiantes promedio del país, se escoge a uno al azar y entra en la academia como el "Super High School Level Good Luck" (Super Suertudo de Preparatoria) - Makoto Naegi es uno de ellos.
La historia gira alrededor de 15 estudiantes que se encuentran atrapados en la escuela bajo el control de un oso sádico llamado Monokuma. Para escapar, los estudiantes deben "graduarse" de la escuela. Para ello, tienen que asesinar a un compañero de clase. Después que su cuerpo haya sido descubierto, el resto de los estudiantes deben trabajar juntos para descubrir al culpable. Si el culpable puede engañar al resto de sus compañeros de clase,él podrá graduarse de la escuela, pero el resto de los estudiantes serán castigados. Sin embargo, si los compañeros descubren el verdadero culpable, entonces sólo él será el castigado con una ejecución espantosa mientras todos los demás se mantienen ilesos.
Mientras Monokuma da motivos para alentar a los estudiantes a cometer un asesinato, como mostrarles videos de sus seres queridos o incluso ofreciéndoles una gran suma de dinero, los estudiantes también tratan de descubrir los secretos de la escuela, incluyendo por qué estaban atrapados allí en primer lugar.